بل ذم مجرد الأنظار البحثية أشد ذم، فقال في الاسفار (ج ۱ ص ۷۵): (... لا على مجرد الأنظار البحثية التي ستلعب بالمعولين عليها الشكرك، و يلعن اللاحق منهم فيها السابق، و لم يتصالحوا عليها، بل كلما دخلت امة لعنت أختها) ثم اثنى على كبار الحكماء و الأولياء في مشاهداتهم النورية، و ذلك في موضوع المثل الافلاطونية، فقال: (و اكتفوا فيه بمجرد المشاهدات الصريحة المتكررة التي وقعت لهم فحكوها لغيرهم، لكن يحصل للإنسان الاعتماد على ما اتفقوا عليه و الجزم بما شاهدوه ثم ذكروه.
و ليس لاحد ان يناظرهم فيه. و كيف و إذا اعتبروا أوضاع الكواكب و أعداد الأفلاك بناء على ترصد شخص كابرخس أو اشخاص بوسيلة الحس المثار للغلط و الطغيان، فبان يعتبروا أقوال فحول الفلسفة المبتنية على ارصادهم العقلية المكررة التي لا تحتمل الخطا كان أحرى).
و هذا غاية ما يمكن ان يقال في الثناء على الارصاد العقلية: ليس لاحد ان ينازع فيها! لا تحتمل الخطا! ان هذا لشيء عجيب! و لكنه مع قوة عقيدته هذه في المكاشفات العرفانية يرى انه لا غنى للإنسان السالك بأحد الطريقين عن الآخر. و قد كرر ذلك في كتبه و اكده مرة بعد اخرى، فأصر على ضرورة الجمع بينهما كما جمع هو، و تفرد - بهذا الجمع فبلغ ما لم يبلغه أحد من فلاسفة العصور الإسلامية.
قال في المبدأ و المعاد ص ۲۷۸: فاولى ان يرجع إلى طريقتنا في المعارف و العلوم الحاصلة لنا بالممازجة بين طريقة المتألهين من الحكماء و المليين من العرفاء).
ثم قال متبجحا: (فان ما تيسر لنا بفضل الله و رحمته و ما وصلنا اليه بفضله و جوده من خلاصة اسرار المبدأ و المعاد مما لست أظن ان قد وصل اليه أحد ممن أعرفه من شيعة المشائيين و متأخريهم دون أئمتهم و متقدميهم كارسطو و من سبقه. و لا أزعم ان كان يقدر على إثباته بقوة البحث و البرهان شخص من المعروفين بالمكاشفة و العرفان من مشائخ الصوفية من سابقيهم و لاحقيهم).
إذن لا المشاءون بلغوا ما بلغه بالمكاشفة، و لا الإشراقيون و العرفاء بلغوا ما بلغه بالبحث و البرهان. فهو المتفرد بجمعة بين مسلك الطائفتين و التوفيق بينهما.
ثم قال ليؤكد سر تفوقه في منهجه: (و ظني ان هذه المزية انما حصلت لهذا العبد المرحوم من الأمة المرحومة، من الواهب العظيم و الجواد الرحيم، لشدة اشتغاله بهذا المطلب العالي و كثرة احتماله من الجهلة و الأرذال و قلة شفقة الناس في حقه و عدم التفاتهم إلى جانبه، حتى انه كان في الدنيا مدة مديدة - كأنه يشير إلى دور العزلة - كئيبا حزينا ما كان له عند الناس رتبة أدنى من آحاد طلبة العلم، و لا عند علمائهم الذين أكثرهم أشقى من الجهال قدر أقل تلاميذهم).
و صرح هو مرة في الاسفار (۴-۱۶۱) بجمعة بين الطريقين إذ علل اختلافه مع بعض مشايخ الصوفية في بعض أقوالهم، فقال: لان من عادة الصوفية الاقتصار على مجرد الذوق و الوجدان فيما حكموا عليه. و اما نحن فلا نعتمد كل الاعتماد على ما لا برهان عليه قطعيا، و لا نذكره في كتبنا الحكمية).
و لم يزل يشنع على من يستعمل أحد المسلكين دون الآخر، كقوله في مفاتيح الغيب ص ۳ و مثله في الاسفار ص ۴: (و لا تشتغل بترهات الصوفية و لا تركن إلى أقاويل المتفلسفة، و هم الذين إذا جاءتهم رسلهم بالبينات فرحوا بما عندهم من العلم و حاق بهم ما كانوا به يستهزءون. وقانا الله و إياك - يا خليلي - من شر هاتين الطائفتين و لا جمع بيننا و بينهم طرفة عين).
بل عبر في مقدمة تفسير الفاتحة عن الطائفة الأولى بالمبتدعين المضلين، و عن الطائفة الثانية بالمعطلين الضالين. ثم قال: (لان كلهم من أولياء الشياطين و أبناء الظلمات و أهل الطاغوت).
إذن فلسفته التي يدعو إليها و يحلف فيها هي الجمع بين طريقة المشائيين و طريقة الإشراقيين و التوفيق بينهما. و على هذا تبتني مدرسته العلمية تعليمه و إرشاده لابنائه الروحانيين و لأجلها ألف معظم كتبه لا سيما الاسفار، إذ قال في مقدمته آخر ص ۳: (قد اندمجت فيه العلوم التألهية في الحكمة البحثية، و تدرعت فيه الحقائق الكثيفة بالبينات التعليمية) و لا يجد غنى للسالك باحدى الطريقتين عن الاخرى، كما سبق.
و هذه في الحقيقة مدرسة جديدة للفلسفة الاهلية لم يعهد لاحد قبله سلوكها و الدعوة إليها صراحة، الا ما قد يظن في استاذه السيد الداماد، فيكون عنه أخذها فجلاها و بين معالمها فان لم يكن فيها هو المجدد المؤسس فهو الموضح لها المشيد لاركانها المعلن بها.
ثم بعد هذا يرى ان الشرع و العقل متطابقان في جميع المسائل الحكميات (الاسفار: ص ۷۵). و أعقب هذا التصريح بقوله: حاشا الشريعة الحقة الالهية البيضاء ان تكون أحكامها مصادمة للمعارف اليقينية الضرورية. و تبا لفلسفة تكون قوانينها غير مطابقة للكتاب و السنة.
و هذه مدرسة اخرى له في المعرفة، و هي التوفيق بين الشرع الإسلامي و بين الفلسفة اليقينية و على هذا لم يفتا يستشهد على كل مسألة حكمية عويصة بالآيات القرآنية و الآثار الإسلامية و هو بارع حقا في تطبيق ما يستشهد به منها على فلسفته.
و الحق انه في هذه المدرسة مجدد مؤسس أيضا لم يعرف له نظير فيها.
و حاشا ان يكون استشهاده بالادلة السمعية - كما يسميها - رياء لغرض دفع عادية المتهمين له بالخروج على الشرع، بل هو دائما يتبجح بأنه لا يرى أحدا يفهم اسرار القرآن الكريم و السنة كما يفهمهما هو، و يبالغ في التوفيق بين فلسفته و الدين مبالغة تجعله أبعد ما يكون عن الرياء و الدجل، حتى يكاد ان يجعل كتبه الفلسفية تفسيرا للدين، و كتبه الدينية - كتفسير القرآن الكريم و شرح أصول الكافي - تفسيرا للفلسفة. و لذا نقول ان كتبه في التفسير و شرح الحديث هي امتداد لفلسفته.
و الحاصل ان الذي نستوضحه من أسلوبه و التأليف ان له فكرة واحدة يسعى إليها جاهدا في كل ما ألف، و هي ما تلخصها عبارته المتقدمة من ان الشرع و العقل متطابقان و لهذه الفكرة العميقة جزءان أو طرفان:
الطرف الأول تأييد العقل للشرع، و الطرف الثاني تأييد الشرع للعقل.