بقول: فاني مجيب إلى ما سال الشيخ الفاضل أطال الله بقاءه. و قد صرح في هامش بعض النسخ القديمة بان القاضي المذكور هو المراد بالشيخ (۱۳) الخلاف في الأحكام: و يقال له مسائل الخلاف أيضا، و هو مرتب على ترتيب كتب الفقه و قد صرح فيه بأنه ألفه قبل كتابيه التهذيب و الاستبصار و هو في مجلدين كبيرين، يوجدان تماما في مكتبة السيد ميرزا باقر القاضي في تبريز (۱۴) رياضة العقول: شرح فيه كتابه الآخر الذي سماه مقدمة في المدخل إلى علم الكلام (۱۵) شرح الشرح: في الأصول، قال تلميذه الحسن بن مهدي السليقي: إن من مصنفاته التي لم يذكرها في الفهرست كتاب شرح الشرح في الأصول، و هو كتاب مبسوط و أملى علينا منه شيئا صالحا، و مات رحمه الله و لم يتمه و لم يصنف مثله. (۱۶) العدة في الأصول، ألفه في حياة استاذه السيد المرتضى، و قسمه قسمين الأول في أصول الدين و الثاني في أصول الفقه، و هو ابسط ما ألف في هذا الفن عند القدماء طبع ببمبئي في سنة ۱۳۱۲ و طبع في ايران ثانيا سنة ۱۳۱۴ مع حاشية المولى خليل القزويني المتوفى سنة ۱۰۸۹ (۱۷) الغيبة:
(۱۸) الفهرست: ذكر فيه أصحاب الكتب و الأصول، و انهى إليهم و إليها أسانيده عن مشايخه، و هو من الآثار الثمينة الخالدة، و قد اعتمد عليه علماء الامامية على بكرة أبيهم في علم الرجال، و قد شرحه الشيخ سليمان الماحوزي المتوفى ۱۱۲۱ و سماه (معراج الكمال إلى معرفة الرجال) و رتبه على طريقة الرجال كل من الشيخ علي المقشاعي الاصبغي البحراني المتوفى سنة ۱۱۲۷ و المولى عناية الله القهبائي النجفي المتوفى بعد سنة ۱۱۲۶ و غيرهما.
طبع الفهرست في ليدن قبل سنين متطاولة و لا أذكر الآن عام طبعه و طبع ثانيا في كلكتة عام ۱۲۷۱ فجاء في ۳۷۳ صفحة و قد تولى نشره و تصحيحه أ. سبرنجر) و المولى عبد الحق، و قد طبع في ذيل صفحاته (نضد الإيضاح) - يعني إيضاح الاشتباه للعلامة الحلي - تأليف علم الهدى محمد بن الفيض الكاشاني المتوفى بعد سنة ۱۱۱۲.
و في سنة ۱۳۵۶ طبعه في النجف الأشرف السيد محمد صادق آل بحر العلوم مع مقدمة إضافية عن الشيخ و تعاليق مفيدة، تدارك فيها ما فات في طبعتيه الأولى و الثانية.
و للفهرست ذيول و تتمات من أنفس الكتب الرجالية، منها فهرست الشيخ منتجب الدين المتوفى بعد سنة ۵۸۵ ذكر فيه المصنفين بعد عصر الشيخ إلى عصره، و قد طبع مع الجزء الأخير من (بحار الأنوار) و منها معالم العلماء للشيخ رشيد الدين محمد بن علي بن شهرآشوب السرري [السروي ]صاحب المناقب المتوفى سنة ۵۸۸ و قد زاد هذا الأخير على ما ذكره شيخ الطائفة من أسماء المصنفين ثلاثمائة مصنف.
و لقد لخص (الفهرست) الشيخ نجم الدين أبو القاسم جعفر بن الحسن بن يحيى بن سعيد الهذلي الشهير بالمحقق الحلي صاحب (الشرائع) و المتوفى سنة ۶۷۶ لخصه بتجريده عن ذكر الكتب و الأسانيد إليها، و الاقتصار على ذكر نفس المصنفين و سائر خصوصياتهم مرتبا على الحروف في الأسماء و الألقاب و الكنى، (۱۹) ما لا يسع المكلف الإخلال به: في علم الكلام (۲۰) ما يعلل و ما لا يعلل: في علم الكلام أيضا (۲۱) المبسوط:
في الفقه من أجل كتب هذا الفن، يشتمل على جميع أبوابه طبع في ايران ۱۲۷۰ (۲۲) مختصر اخبار المختار بن أبي عبيد الثقفي: و يعبر عنه ب (اخبار المختار) أيضا (۲۳) مختصر المصباح: في الأدعية و العبادات، اختصر فيه كتابه الكبير (مصباح المتهجد) (۲۴) مختصر في عمل اليوم و الليلة: في العبادات، (۲۵) مسألة في الأحوال (۲۶) مسألة في العمل بخبر الواحد و بيان حجيته (۲۷) مسألة في تحريم الفقاع (۲۸) مسألة في وجوب الجزية على اليهود و المنتمين إلى الجبابرة (۲۹) مسائل ابن البراج (۳۰) الفرق بين النبي و الامام: في علم الكلام (۳۱) المسائل الالياسية (۳۲) المسائل الجنبلائية: في الفقه (۳۳) المسائل الحائرية في الفقه، (۳۴) المسائل الحلبية: في الفقه أيضا (۲۵) المسائل الدمشقية في تفسير القرآن، (۳۶) المسائل الرازية: في الوعيد، (۳۷) المسائل الرجبية: في تفسير آي من القرآن (۳۸) المسائل القمية (۳۹) مصباح المتهجد: في اعمال السنة كبير، و هو من أجل الكتب في الأعمال و الأدعية، (۴۰) المفصح: في الامامة، و هو من الآثار الهامة توجد نسخة منه في مكتبة راجة فيضآباد في الهند، و حصلت نسخة منه للميرزا حسين النوري، وجدها مع (النهاية) و هي بخط أبي المحاسن بن إبراهيم بن الحسين ابن بابويه كان تاريخ كتابته للنهاية الثلاثاء ۱۵ ربيع الآخر سنة ۵۱۷ (۴۱) مقتل الحسين ع (۴۲) مقدمة في المدخل إلى علم الكلام (۴۳) مناسك الحج في مجرد العمل (۴۴) النقض على ابن شاذان في مسألة الغار (۴۵) النهاية في مجرد الفقه و الفتوى: من أعظم آثاره و أجل كتب الفقه و متون الأخبار (۴۶) هداية المسترشد و بصيرة المتعبد: في الأدعية و العبادات ذكره الشيخ في (الفهرست).
(وفاته و قبره)
لم يبرح شيخ الطائفة في النجف الأشرف مشغولا بالتدريس و التأليف، و الهداية و الإرشاد، مدة اثنتي عشرة سنة، حتى توفي ليلة الاثنين الثاني و العشرين من المحرم سنة ۴۶۰، عن خمس و سبعين سنة، و تولى غسله و دفنه تلميذه الشيخ الحسن بن مهدي السليقي، و الشيخ أبو محمد الحسن بن عبد الواحد العين زربي، و الشيخ أبو الحسن اللؤلئي، و دفن في داره بوصية منه و ارخ وفاته بعض المتأخرين بقوله مخاطبا مرقده الزاكي كما هو مسطور على جدار المسجد، و قد ذكره الشيخ جعفر نقدي في كتابه ضبط التاريخ بالأحرف أيضا ص ۱۳:يا مرقد الطوسي فيك قد انطوىمحيي العلوم فكنت أطيب مرقدإلى ان قال:أودى بشهر محرم فاضافهحزنا بفاجع رزئه المتجددإلى ان قال:بك شيخ طائفة الدعاة إلى الهدىو مجمع الأحكام بعد تبددإلى ان قال:و بكى له الشرع الشريف مؤرخا(ابكى الهدى و الدين فقد محمد)و تحولت الدار بعده مسجدا في موضعه اليوم حسب وصيته أيضا، و هو مزار يتبرك به الناس من العوام و الخواص، و من أشهر مساجد النجف، عقدت فيه منذ تاسيسه حتى اليوم عشرات حلقات التدريس من قبل كبار المجتهدين و أعاظم المدرسين فقد كان العلماء يستمدون من بركات قبر الشيخ لكشف غوامض المسائل و مشكلات العلوم، و لذلك كان مدرس العلماء و معهد تخريج المجتهدين إلى عصر شيخ الفقهاء الشيخ محمد حسن