مناقضة و منافرة تواطأ مع جماعة من علماء ذلك العصر المبغضين للشيخ علي كالمولى حسين الأردبيلي الالاهي و القاضي مسافر و غيرهم على ان يتكلم نعمة الله مع الشيخ علي في أمر صلاة الجمعة في زمن الغيبة بمحضر الشاه طهماسب فيعينوه على إلزام الشيخ و إفحامه باسوإ وجه يكون و اتفق معهم أيضا جماعة من الأمراء المعاندين للشيخ على إتمام هذا المهم الا ان حكمة الله تعالى و حرمة شريعته المطهرة اقتضتا خلاف ما أرادوا به فلم يتيسر لهم ذلك المقصود و في ذلك الوقت كتب بعض المفسدين عريضة بخط مجهول مشتملة على أنواع الفرية و البهتان في حق الشيخ علي بالنسبة إلى السلطان و نسب فيها إلى الشيخ ارتكاب أنواع الفواحش و الفسوق زورا و بهتانا و جرأة على الله تعالى و حسدا للشيخ و رماها إلى دار الملك من فوق الجدران و كانت دار الملك يومئذ بصاحبآباد بلدة بتبريز بجنب الزاوية النصيرية فوصلت تلك العريضة إلى الشاه فما اثرت الا زيادة الحب و التعظيم للشيخ عنده و اجتهد في معرفة كاتب العريضة إلى ان بلغه انها كتبت باطلاع الأمير نعمة الله المذكور فأسقطه من عين نظره ثم امر بنفيه إلى بغداد و مات بها بعد وفاة الشيخ علي بعشرة أيام اه. و بعضهم يقول ان تقارب زمن المتخاصمين امر يشهد به التتبع كما وقع لجرير و الفرزدق و غيرهما و الله اعلم (و عن رياض العلماء) انه جرت منازعة بين المترجم و بين الأمير غياث الدين منصور ابن الأمير صدر الدين محمد الدشتكي الشيرازي المتكلم الحكيم المشهور كان منشأها الاختلاف الواقع بينهما في مسائل عمدتها مسألة القبلة التي غيرها المترجم في كثير من البلاد (اه) (و في روضات الجنات) ان المسموع عن المترجم انه كان له وثوق بديانة مولانا شمس الدين محمد بن احمد الفارسي المتكلم الحكيم المشتهر بالفاضل الخفري صاحب الحواشي المشهورة على شرح التجريد و غيرها بحيث انه أجلسه في مجلسه في بعض أسفاره و أذن للناس اليه في الرجوع إلى أمور دينهم و دنياهم فلما رجع وجد اعماله موافقة للصواب فازداد به وثوقا و العهدة على الراوي اه.
(مشائخه)
يروي عن جماعة كثيرة كعلي بن هلال الجزائري عن احمد بن فهد الحلي و الشيخ شمس الدين محمد بن خاتون العاملي كما يظهر من أواخر وسائل الشيعة و كان الشيخ شمس الدين محمد بن خاتون استاذه في الدرس أيضا و يروي عن الشيخ شمس الدين محمد بن داود بن المؤذن الجزيني ابن عم الشهيد الأول عن الشيخ ضياء الدين علي ابن الشهيد الأول عن أبيه و قد قرأ على جماعة من علماء أهل السنة و روى عنهم كما صرح به في اجازته و قال صاحب رياض العلماء انه اتفق مع الصدر الكبير الأمير جمال الدين محمد الاستربادي [الأسترآبادي] الذي كان صدرا عند الشاه إسماعيل و ولده الشاه طهماسب و كان من العلماء على ان يقرأ الشيخ علي عند الصدر المذكور شرح التجريد الجديد و يقرأ الصدر على الشيخ علي قواعد العلامة فقرأ الشيخ عليه درسين من شرح التجريد و لم يقرأ الصدر على الشيخ ثم تمارض الصدر اه و في ذلك من الدلالة على علو همته و تواضعه للعلم و اهله و لو كانوا من الأمراء.
(تلاميذه)
يروي عنه جماعة كثيرة جدا من فضلاء عصره منهم الشيخ علي بن عبد العالي و الشيخ زين الدين الفقعاني و الشيخ احمد بن محمد بن أبي جامع الشهير بابن أبي جامع و الشيخ نعمة الله بن الشيخ جمال الدين أبي العباس احمد بن الشيخ شمس الدين محمد بن خاتون العاملي و والده الشيخ احمد بن خاتون و الشيخ برهان الدين أبو إسحاق إبراهيم ابن الشيخ زين الدين علي ابن يوسف الخوانساري الاصفهاني و الشيخ عبد النبي الجزائري صاحب الرجال و الشيخ علي المنشار زين الدين العاملي و الشيخ كمال الدين درويش محمد بن الشيخ حسن العاملي النظري جد والد التقي المجلسي من قبل أمه كما صرح به في اربعينه و غيره و السيد الأمير محمد بن أبي طالب الأسترآبادي الحسيني الموسوي و السيد شرف الدين علي الحسيني الأسترآبادي النجفي و الشيخ أبو القاسم نور الدين علي بن عبد الصمد عم الشيخ البهائي قرأ عليه الرسالة الجعفرية و له منه إجازة و عن رياض العلماء عن تاريخ حسن بين [بيك] روملو الفارسي ان الأمير نعمة الله الحلي كان من تلامذته ثم رجع عنه و اتصل بالشيخ إبراهيم القطيفي الذي كان بينه و بين المترجم مناقضة و منافرة حتى صار من أعداء استاذه و عن رياض العلماء أيضا أظن ان من تلامذته السيد جمال الدين عن [بن] عبد الله بن محمد بن الحسن الحسيني الجرجاني.
(مؤلفاته)
له تعليقات حسنة و تصانيف جيدة منها جامع المقاصد في شرح القواعد خرج منه ست مجلدات إلى بحث تفويض البضع من كتاب النكاح و هو شرح لم يعمل قبله أحد مثله في حل مشكله مع تحقيقات حسنة و تدقيقات لطيفة خال من التطويل و الإكثار و شارح لجميع ألفاظه المجمع عليه و المختلف فيه و قد اشتهر هذا الشرح اشتهارا كثيرا و اعتمد عليه الفقهاء في ابحاثهم و مؤلفاتهم مطبوع مع القواعد و حواشي الإرشاد و شرح الإرشاد و شرح اللمعة و شكك بعضهم في وجود هذين الشرحين و حواشي الشرائع و حواشي المختصر النافع و حواشي المختلف و الرسالة الجعفرية و هذه الرسالة لاقت حظا عظيما و شرحت عدة شروح من أعظم العلماء و رسالة صيغ العقود و الإيقاعات و اسرار اللاهوت أو نفحات اللاهوت في الجبت و الطاغوت و رسالة الجمعة و هي داخلة في جامع المقاصد ذهب فيها إلى الوجوب التخييري أو العيني مع وجود المجتهد و السبحة و الخيارية و المواتية و كأنها هي المعبر عنها برسالة أقسام الأرضين و شرح الالفية للشهيد مطبوع و حواش على الالفية و رسالة السجود على التربة الحسينية بعد ان تشوى بالنار يرد فيها على الشيخ إبراهيم القطيفي معاصره في منعه من ذلك فرغ من تاليفها في النجف الأشرف حادي عشر ربيع الأول سنة ۹۳۳ و رسالة الجنائز و رسالة أحكام السلام و التحية و المنصورية و رسالة في تعريف الطهارة و الرسالة المحرمية نسبها اليه الشيخ حسن صاحب المعالم في عمدة المقال و الرسالة النجمية في الكلام و رسالة في العدالة و رسالة في الغيبة و حاشية على تحرير العلامة ينقل عنها الشيخ حسن في فقه المعالم و رسالة في الحج و حواش على الدروس و حواش على الذكرى و الرسالة الكرية و رسالة الجبيرة و رسالة في التعقيبات و رسالة في المنع عن تقليد الميت بل البقاء عليه ادعى فيها إجماع الطائفة على ذلك و له فتاوى و اجوبة مسائل كثيرة ذكرنا منها ۱۱ مسألة في الجزء الأول من معادن الجواهر.
و له رسالة في الرضاع مطبوعة قال في أولها: اشتهر على ألسنة الطلبة في هذا العصر تحريم المرأة على بعلها بارضاع بعض من سنذكره و لا نعرف لهم من ذلك أصلا يرجعون اليه من كتاب أو سنة أو إجماع أو قول لاحد