رسالة المسائل الاسطنبولية في الواجبات العينية مذكورة في الرياض (۴۲) رسالة في الاخبار مشتملة على خمسة فصول في الرياض رأيتها ببلدة ساوه اه و لعلها الكتاب الذي فيه نحو ألف حديث الاتي (۴۳) رسالة في دعوى الإجماع في مسائل من الشيخ و مخالفة نفسه (۴۴) رسالة في ذكر أحواله و هي التي نقل عنها ابن العودي (۴۵) منية المريد في آداب المفيد و المستفيد مشتمل في آداب و فوائد جليلة و هو نعم المهذب لأخلاق الطلاب لمن عمل به طبع مرتين في الهند و ايران (۴۶) بغية المريد مختصر منه و كان ابن العودي أخذ اسم كتابه في ترجمة الشهيد منه (۴۷) نتائج الأفكار في حكم المقيمين في الاسفار (۴۸) كفاية المحتاج في مناسك الحاج و هو المناسك الكبير في الحج و العمرة لطيفة (۵۱) مسكن الفوائد [الفؤاد] عند فقد الاحبة و الأولاد لم يسبق إلى مثله و سبب تصنيفه له كثرة ما توفي له من الأولاد بحيث لم يبق منهم أحد الا الشيخ حسن و كان لا يثق بحياته و قد استشهد و هو ابن اربع سنين أو سبع سنين كما مر في ترجمته مطبوع (۵۲) مبرد الأكباد مختصر منه (۵۳) كشف الريبة عن أحكام الغيبة لم يسبق اليه مطبوع (۵۴) البداية في علم الدراية (۵۵) شرح البداية مزجي فرغ منه ليلة الثلاثاء ۵ ذي الحجة سنة ۹۵۹ مطبوعان معا (۵۶) البداية في سبيل الهداية و هو غير بداية الدراية المتقدم فقد ذكرا معا في أمل الآمل و يعطي اسمه انه في العقائد (۵۷) جواهر الكلمات في شيغ [صيغ] العقود و الإيقاعات في الرياض هو كتاب حسن رأيت منه نسخة في خزانة الحضرة الرضوية و يحتمل اتحاده مع ما سبق في كلام الشيخ المعاصر بعنوان كتاب العقود بل هو الظاهر لكن الحق عندي كونه من مؤلفات غيره و هو الشيخ حسن بن مفلح الصيمري المشهور اه و رأى صاحب الذريعة نسخة صيغ العقود و ليس فيها التسمية بجواهر الكلمات و قد وقع خلل في كلام صاحب الرياض فان عادته ان يعبر بالشيخ المعاصر عن صاحب أمل الآمل و ليس في الأمل ذكر لكتاب العقود و انما ذكره صاحب الرياض نفسه (۵۸) منار القاصدين في اسرار معالم الدين (۵۹) غنية القاصدين في اصطلاحات المحدثين (۶۰) كتاب الرجال و النسب (۶۱) كتاب تحقيق الإسلام و الايمان. و هو كتاب حقائق الايمان الذي رأينا منه نسخة مخطوطة في طهران صرح بذلك صاحب الذريعة (۶۲) كتاب الإجازات قال ولده الشيخ حسن في أواخر اجازته الكبيرة المشهورة ان والدي جمع أكثر إجازات المشايخ في كتاب مفرد ذكره في فهرست كتب خزانته (۶۳) منظومة في النحو و شرحها (۶۴) جوابات مسائل الشيخ زين الدين و لا يعرف من هو هذا الشيخ زين الدين و لعله الفقعاتي [الفقعاني] شريكه في الدرس (۶۵) جوابات مسائل الشيخ احمد و الظاهر ان المراد به الشيخ احمد العاملي الشهير بالمازحي فان له مسائل سال عنها الشهيد الثاني و اجابه عنها في الذريعة أكثرها فقهية تاريخ كتابة النسخة ۹۸۰ (۶۶) جوابات المسائل الثلاث الخراسانية (۶۷) جوابات المباحث النجفية (۶۸) جوابات المسائل الهندية (۶۹) جوابات المسائل الشامية ذكرت الأربعة في أمل الآمل (۷۰) جوابات ستين مسألة في الذريعة محذوفة السؤال بعنوان مسألة اقتصر فيها على الجواب فقط و في آخرها: اعلم ان الشيخ زين الدين الشهيد كتب هذه المسائل في جواب سؤالات وجدتها بخطه لكن تركت السؤالات لمعلوميتها و كتبت الاجوبة لاستقلالها و النسخة بخط شرف الدين علي بن جمال الدين المازندراني الذي كان حيا سنة ۱۰۷۰ اه (۷۱) مختصر الخلاصة و مر مختصر مسكن الفؤاد و مختصر المناسك و مختصر منية المريد (۷۲) فؤاد خلاصة العلامة في الرجال و لعله حاشية الخلاصة المتقدم (۷۳) إجازة الشيخ حسين بن عبد الصمد و هي احدى الإجازات الثلاث المشهورات تاريخها ليلة الخميس ۳ جمادى الاخرة سنة ۹۴۱ (۷۴) كتاب فيه نحو ألف حديث انتخبها من كتاب المشيخة للحسن بن محبوب رآه صاحب أمل الآمل بخطه و يحتمل كونه المذكور في الرياض بعنوان رسالة في الاخبار مشتملة على خمسة فصول (۷۵) الأربعون حديثا في الفضائل ينقل عنه المولى احمد الأردبيلي في حديقة الشيعة جملة من اخبار فضائل أمير المؤمنين ع (۷۶) آداب الصلاة و هو غير اسرار الصلاة المتقدم (۷۷) اسرار الزكاة و الصوم و الحج عن كشف الحجب انه استخرجه من جواهر القرآن للغزالي و يمكن كونه منار القاصدين في اسرار معالم الدين المتقدم (۷۸) أنوار الهدى في مسألة البداء (۷۹) الرسالة الاعتقادية في معرفة الله و ما يتبعها من الأصول رآها صاحب الذريعة.
ما قاله ولده الشيخ حسن في كتاب المسالك
في حاشية الرياض للمؤلف قال ولده الشيخ حسن في مدح كتاب المسالك لوالده:لو لا كتاب مسالك الافهامما بان نهج الشرائع الإسلامكلا و لا كشف الحجاب مؤلفعن مشكلات غوامض الأحكامقد زينته حقائق و دقائقخضعت لهن نواصب الافهامو حوت صحائفه نفيس فرائدقد نظمت بنهاية الأحكامتزهو بهن كمثل أحسن روضةازهارها خرجت من الأكمامان اللسان لعاجز عن نعتهو كذاك تعجز السن الأقلامفجزى مؤلفه الرحيم بجودهخير الجزاء و حباه بالإكرامأشعاره
لما زار النبي ص سنة ۹۴۳ و وقف على قبره الشريف بالمدينة المنورة و كان قد رآه ص في منامه بمصر فوعده بالخير أنشأ يقول:صلاة و تسليم على أشرف الورىو من فضله ينبو عن الحد و الحصرو من قد رقى السبع الطباق بنعلهو عوضه الله البراق عن المهرو خاطبه الله العلي بحبهشفاها و لم يحصل لعبد و لا حرعدولي عن تعداد فضلك لائقيكل لساني عنه في النظم و النثرو ما ذا يقول الناس في مدح من أتتمدائحه الغراء في محكم الذكرسعيت اليه عاجلا سعي عاجزبعبء ذنوب جمة أثقلت ظهريو لكن ريح الشوق حرك همتيو روح الرجا مع ضعف نفسي و مع فقريو من عادة العرب الكرام بوفدهمإعادته بالخير و الحبر و الوفرو جادوا بلا وعد مضى لنزيلهمفكيف و قد واعدتني الخير في مصرفحقق رجائي سيدي في زيارتيبنيل منائي و الشفاعة في حشريو قوله:لقد جاء في القرآن آية حكمةتدمر آيات الضلال و من يجبرو تخبر ان الاختيار بايدناayah ۱۸:۲۹(فَمَنْ شٰاءَ فَلْيُؤْمِنْ وَ مَنْ شٰاءَ فَلْيَكْفُرْ)