الحلي و هو شرح يقال أقول أوله الحمد لله ذي العز الباهر. و قال في حرف العين عين القواعد في المنطق و الحكمة للكاتبي القزويني المتوفى ۶۷۵ أوله بعد حمد واهب الوجود و من شروحه إيضاح المقاصد في شرح حكمة عين القواعد أوله الحمد لله ذي العز الباهر و هو شرح يقال يقول: و بعده ما صورته: قال ولي الدين جار الله العلامة من علماء الدولة العثمانية هذا سهو من المؤلف كاتب حلبي [جلبي] لان إيضاح المقاصد شرح لحكمة العين لابن المطهر الحلي الشيعي لا للعين انتهى. فظهر من ذلك إن أصل الكتاب اسمه عين القواعد و هو في المنطق فلما أضاف إليه الالاهي و الطبيعي سماه حكمة العين و العلامة شرح حكمة العين بشرح سماه إيضاح المقاصد من حكمة عين القواعد و من هنا توجه الاعتراض على كاتب جلبي بجعله إيضاح المقاصد تارة شرحا لحكمة العين و أخرى للعين مع إنه عند جعله شرحا للعين صرح بأنه شرح لحكمة العين (۷۴) تحرير الأبحاث في معرفة العلوم الثلاثة المنطق و الطبيعي و الالاهي مجلد (۷۵) نهج العرفان في علم الميزان مجلد (۷۶) بسط الإشارات مجلد و هو شرح إشارات ابن سينا (۷۷) تحصيل الملخص و كأنه شرح على ملخص فخر الدين الرازي في الحكمة و المنطق ذكره في جواب المسائل المهنائية و قال إنه خرج منه مجلد (۷۸) الإشارات إلى معاني الإشارات مجلد و هو من شروحه على إشارات ابن سينا. قال الشيخ البهائي في حواشي الخلاصة إن له شرح الإشارات و إنه عنده بخطه فيمكن ان يكون هو هذا و يمكن أن يكون الذي قبله (۷۹) لب الحكمة (۸۰) النور المشرق في علم المنطق (۸۱) إيضاح المعضلات من شرح الإشارات و هو شرح لشرح النصير الطوسي على إشارات ابن سينا المسمى بحل مشكلات الإشارات (۸۲) التعليم الثاني العام عدة مجلدات خرج منه بعضها كما في بعض نسخ الخلاصة (۸۳) كشف المشكلات من كتاب التلويحات مجلدان (۸۴) شرح حكمة الإشراق و هو غير شرح حكمة العين.
كتب الأحاديث
(۸۵) استقصاء الاعتبار في تحرير معاني الأخبار. في الخلاصة ذكرنا فيه كل حديث وصل إلينا و بحثنا في كل حديث منه على صحة السند أو إبطاله و كون متنه محكما أو متشابها و ما اشتمل عليه المتن من المباحث الأصولية و الأدبية و ما يستنبط من المتن و الأحكام الشرعية و غيرها و هو كتاب لم يعمل مثله و أشار إليه في المختلف في مسألة سؤر كل ما يؤكل لحمه بما دل على إنه في غاية البسط (۸۶) مصابيح الأنوار ذكرنا فيه كل أحاديث علمائنا و جعلنا كل حديث يتعلق بفن في بابه و رتبنا كل فن على أبواب ابتدأنا فيها بما روي عن النبي ص ثم من بعد بما روي عن علي (ع) و هكذا إلى آخر الأئمة ع (۸۷) الدر و المرجان في الأحاديث الصحاح و الحسان مجلد (۸۸) النهج الوضاح في الأحاديث الصحاح. و هذه الأربعة ليس لها عين و لا أثر و لعله ألف من كل منها شيئا يسيرا و لم يتمها فذهبت بها حوادث الأيام (۸۹) كتاب جامع الأخبار أو مجامع الأخبار. في الرياض نسبه إليه بعض متاخري علماء جبل عامل في بعض مجاميعه و يروي عنه بعض الأخبار المتعلقة بفضائل القرآن كما رأيته بخطه و تاريخ الكتابة سنة ۱۰۶۳ قال: كتاب مجامع الأخبار لشيخنا العلامة قدس الله روحه الزكية فلا يبعد حمل لفظ العلامة على شيخ له نعم أورد العلامة في أوائل كتاب المختلف حديثا و قال إني أوردته في كتاب جامع الأخبار (أقول) بعد وجود ذلك في المختلف و تبادر المترجم من إطلاق لفظ العلامة لا وجه لحمله على شيخ له.
كتب الرجال
(۹۰) خلاصة الأقوال في معرفة الرجال مجلد مطبوع و قد اعتنى بأقواله فيها كل من كتب في الرجال فنقلوها كلها في كتبهم مع انه يقتصر غالبا على ما في فهرست الشيخ و رجال النجاشي و قد يزيد عنهما و نحن في هذا الكتاب لم نلتزم بذكر جميع ما فيها لما مر و وقع فيها من أغلاط تنبه لها المتأخرون عنه و نبهنا عليها في هذا الكتاب (۹۱) كشف المقال في معرفة الرجال أكبر من الخلاصة و يحيل عليه فيها و في إيضاح الاشتباه و لا وجود له (۹۲) إيضاح الاشتباه في أسماء الرواة مطبوع و رتبه على النهج المألوف جد صاحب الروضات و زاد عليه أيضا علم الهدى ابن ملا محسن الكاشي و طبع من [مع ]فهرست الشيخ في أوربا (۹۳) تلخيص الفهرست للشيخ الطوسي بحذف الكتب و الأسانيد.
كتب الأدعية
(۹۴) الأدعية الفاخرة المنقولة عن الأئمة الطاهرة. عن بعض نسخ الخلاصة أنه في أربعة أجزاء (۹۵) منهاج الصلاح في اختصار المصباح و هو مختصر مصباح المتهجد للشيخ الطوسي ألفه بالتماس الوزير محمد بن محمد القوقهدي و رتبه على عشرة أبواب ثم ألحق به الباب الحادي عشر في أصول الدين كما مر في أصول الدين.
كتب النحو
(۹۶) كشف المكنون من كتاب القانون و هو اختصار شرح الجزولية في النحو (۹۷) بسط الكافية و هو اختصار شرح الكافية في النحو (۹۸) المقاصد الوافية بفوائد القانون و الكافية. في الخلاصة جمعنا فيه بين الجزولية و الكافية في النحو مع تمثيل ما يحتاج إلى المثال (۹۹) المطالب العلية في علم العربية.
جوابات المسائل
(۱۰۰) جوابات مسائل مهنا بن سنان المدني الأول (۱۰۱) جوابات مسائله الثانية (۱۰۲) رسالة مختصرة في جواب سؤال السلطان محمد خربندا عن حكمة النسخ في الأحكام الشرعية مذكورة في الرياض (۱۰۳) رسالة في جواب سؤالين سال عنهما الخواجة رشيد الدين فضل الله الطبيب الهمذاني وزير غازان خان بن أرغون المغولي و وزير أخيه أولجايتو خان خربندا محمد بن أرغون. و هذه الرسالة رأيناها في طهران في مكتبة الشيخ علي المدرس.
كتب الفضائل
(۱۰۴) كشف اليقين في فضائل أمير المؤمنين مطبوع (۱۰۵) جواهر المطالب في فضائل أمير المؤمنين علي بن أبي طالب (ع).
كتب منوعة
(۱۰۶) مختصر شرح نهج البلاغة و الظاهر أنه شرح ابن ميثم (۱۰۷) شرح الكلمات الخمس لأمير المؤمنين (ع) في جواب كميل بن زياد.