و آخر كتاب نشر له في ليبزغ هو رسالة دفع السموم و مضارها مع ترجمة النص إلى الالمانية، و ذلك في سنة ۱۹۵۹.
و قد يسر كراوس في المجلد الأول من بحثه العمل، فاحصى جميع المخطوطات الموجودة في شتى مكتبات العالم من مؤلفات جابر، مع الإشارة إلى ما طبع منها.
و ليس صحيحا أن الفارابي هو أول صاحب إحصاء العلوم، لان جابر بن حيان - و كان أسبق منه - وضع تصنيفا أدخل فيه العلوم الشرعية إلى جانب العلوم الفلسفية. كما ان الكندي ألف في سائر العلوم، و إنا لنجد ابن النديم في الفهرست يضعها في سبعة عشر قسما، مثل كتبه المنطقيات، و الفلكيات، و السياسيات... إلخ...
و لم يقصد جابر إلى وضع مؤلف خاص بتقسيم العلوم و إحصائها، و لكنه عرض لهذا الأمر في رسالتين، إحداهما: رسالة الحدود أي التعريفات، و الأخرى: رسالة إخراج ما في القوة إلى الفعل. و هو إنما يقسم العلوم بحيث تخدم علم الكيمياء، أو الصنعة، بوجه خاص.
و قال ابن النديم: (أسماء كتبه في الصنعة) له فهرست كبير يحتوي على جميع ما ألف في الصنعة و غيرها و له فهرست صغير يحتوي على ما ألف في الصنعة فقط قال و نحن نذكر جملا من كتبه رأيناها و شاهدها الثقات فذكروها لنا (أقول) أوردها ابن النديم بذكر لفظ كتاب في أول كل اسم منها و نحن حذفنا لفظة كتاب اختصارا إلا قليلا و ذكر إسماعيل مظهر في تاريخ الفكر العربي بعض الخصوصيات المتعلقة بهذه المؤلفات فنحن نذكرها كلا في موضعه قال ابن النديم فمن ذلك: ۱ - اسطقس الأس الأول إلى البرامكة، ۲ - اسطقس الأس الثاني إليهم، ۳ - الكمال هو الثالث إليهم، نقلت هذه الثلاثة بالزنكوغراف في الهند سنة ۱۸۹۱ م، ۴ - الواحد الكبير و يقال - الواحد الأول، ۵ - الواحد الصغير - و يقال - الواحد الثاني من الكتابين نسختان في المكتبة الأهلية بباريس ۶ - الركن، ۷ - البيان، نقل بالزنكوغراف في الهند سنة ۱۸۹۱ م، ۸ - الترتيب ۹ - النور، نقل بالزنكوغراف في الهند سنة ۱۸۹۱ م، ۱۰ - الصبغ الأحمر، ۱۱ - الخمائر الكبير، ۱۲ - الخمائر الصغير، ۱۳ - التدابير الرائية، ۱۴ كتاب يعرف - بالثالث، ۱۵ - الروح، ۱۶ - الزئبق طبع برتيلو المؤلف الفرنسوي كتابين أحدهما باسم كتاب - الزئبق الشرقي و الآخر باسم - الزئبق الغربي نقلهما من مكتبة ليون، ۱۷ - الملاغم الجوانية، ۱۸ - الملاغم البرانية، و الملاغم من مصطلحات أهل الكيمياء يراد بها خليط من معدن و زئبق، ۱۹ - العمالقة الكبير، ۲۰ - العمالقة الصغير، ۲۱ - البحر الزاخر، ۲۲ - البيض، ۲۳ - الدم، ۲۴ - الشعر منه نسخة بالمتحف البريطاني، ۲۵ - النبات ۲۶ - الاستيفاء، ۲۷ - الحكمة المصونة، ۲۸ - التبويب منه نسخة بالمتحف البريطاني، ۲۹ - الأملاح، ۳۰ - الأحجار - نقل بالزنكوغراف في الهند سنة ۱۸۹۱، ۳۱ - كتاب أبي قلمون (أقول) أبو قلمون طائر من طير الماء يتراءى بألوان شتى و ثوب رومي يتلون ألوانا شبه بالطائر، ۳۲ - التدوير، ۳۳ - الباهر، ۳۴ - التكرير، ۳۵ - الدرة المكنونة، و في المتحف البريطاني مخطوطة بهذا العنوان ضمن مؤلفات جابر بن حيان، ۳۶ - كتاب البدوح، (أقول) ب دوح يقال إنه طلسم يفيد السرعة و الإنجاز و لذلك يكتبونه على الرسائل و على الحوامل عند عسر الولادة و قد يبدل بارقام هذين بحساب الجمل (۸۶۴۲)، ۳۷ - الخالص، ۳۸ - الحاوي، ۳۹ - كتاب القمر أي كتاب الفضة، ۴۰ - كتاب الشمس أي كتاب الذهب قال إسماعيل مظهر يرجح أنه مختصر عن كتاب - الأحجار السبعة و قد ذكره الجلدقي في نهاية المطلب منه نسخة في المكتبة الأهلية بباريس اه، ۴۱ - التركيب أو - التراكيب منه نسخة بالمكتبة الأهلية بباريس، ۴۲ - الفقه، ۴۳ - الأسطقس قال إسماعيل مظهر يظهر أنه هو الجزء الثالث من كتاب - الأسطقس اه، ۴۴ - الحيوان و ذكره الجلدقي بعنوان - حياة الحيوان، ۴۵ - البول، ۴۶ - التدابير اخر، ۴۷ - الأسرار و لعله كتاب - سر الأسرار الذي منه نسخة بالمتحف البريطاني أقول: ياتي في مؤلفاته - سفر الأسرار و لعله تصحيف - سر الأسرار أو بالعكس، ۴۸ - كيمان المعادن، ۴۹ - الكيفية، ۵۰ - السماء أولى، ۵۱ و ثانية، ۵۲ و - ثالثة، ۵۳ و - رابعة، ۵۴ - و - خامسة، ۵۵ و سادسة، ۵۶ و - سابعة، ۵۷ - الأرض أولى، ۵۸ - و - ثانية، ۵۹ و - ثالثة، ۶۰ و - رابعة، ۶۱ و - خامسة، ۶۲ - و - سادسة، ۶۳ و - سابعة، ۶۴ - المجردات، ۶۵ - البيض الثاني، ۶۶ - الحيوان الثاني، ۶۷ - الأملاح الثاني، ۶۸ - الباب الثاني، ۶۹ - الأحجار الثاني، ۷۰ - الكامل، ۷۱ - الطرح، ۷۲ - فضلات الخمائر، ۷۳ - العنصر، ۷۴ - التركيب الثاني منه نسخة بالمكتبة الأهلية بباريس، ۷۵ - الخواص منه نسخة مخطوطة بالمتحف البريطاني، ۷۶ - التذكير في المتحف البريطاني مخطوطة بهذا العنوان ضمن مؤلفات جابر، ۷۷ - البستان، ۷۸ - السيول، ۷۹ - روحانية عطارد، ۸۰ - الاستتمام ذكر الطغرائي بعض مقطوعات منه و ذكره الجلدقي في نهاية المطلب، ۸۱ - الأنواع، ۸۲ - البرهان، ۸۳ - الجواهر الكبير، ۸۴ - الأصباغ، ۸۵ - الرائحة الكبير، ۸۶ - الرائحة اللطيف، ۸۷ - المني، ۸۸ - الطين، ۸۹ - الملح، ۹۰ - الحجر الحق الأعظم، ۹۱ - الألبان، ۹۲ - الطبيعة، ۹۳ - ما بعد الطبيعة، ۹۴ - التلميح، ۹۵ - الفاخر، ۹۶ - الصارع، ۹۷ - الأفرند، ۹۸ - الصادق، ۹۹ - الروضة و ذكره الجلدقي في الجزء الثامن من نهاية المطلب، ۱۰۰ - الزاهر ۱۰۱ - التاج، ۱۰۲ - الخيال، ۱۰۳ - تقدمة المعرفة، ۱۰۴ - الزرانيخ، ۱۰۵ - كتاب إلهي، ۱۰۶ - كتاب إلى خاطف، ۱۰۷ - كتاب إلى جمهور الفرنجي، ۱۰۸ - كتاب إلى علي بن يقطين، ۱۰۹ - مزارع الصناعة، ۱۱۰ - كتاب إلى علي بن إسحاق البرمكي، ۱۱۱ - التصريف، ۱۱۲ - الهدى، ۱۱۳ - تليين الحجارة إلى منصور بن أحمد البرمكي، ۱۱۴ - أغراض الصنعة إلى جعفر بن يحيى البرمكي، ۱۱۵ - الباهت، ۱۱۶ - عرض الأعراض - قال ابن النديم و هذه الكتب مائة و اثنا عشر كتابا (أقول) لا يخفى أنها ۱۱۶ فكأنه وقع تكرير في بعضها قال: و له بعد ذلك سبعون كتابا منها: ۱۱۷ - اللاهوت، ۱۱۸ - الباب، ۱۱۹ - الثلاثون كلمة، ۱۲۰ - المنى، ۱۲۱ الهدى، ۱۲۲ - الصفات، ۱۲۳ - العشرة، ۱۲۴ - النعوت، ۱۲۵ - العهد، ۱۲۶ - السبعة، - و في تاريخ الفكر العربي كتاب السبعين في المتحف البريطاني فاما صحف أحدهما بالآخر أو هما اثنان، ۱۲۷ - الحي، ۱۲۸ - الحكومة، ۱۲۹ - البلاغة، ۱۳۰ - المشاكلة، ۱۳۱ - خمسة عشر - منه نسخة في مكتبة جامعة ترينتي باكسفورد، ۱۳۲ - الكفؤ، ۱۳۳ - الاحاطة، ۱۳۴ - الرواق، ۱۳۵ - القبة، ۱۳۶ - الضبط، ۱۳۷ - الأشجار، ۱۳۸ - المواهب، ۱۳۹ - المخنقة، ۱۴۰ - الإكليل، ۱۴۱ -