رئيسهم سعود و أصحابه عنها خائبين و فتحوا كربلاء عنوة و نهبوها و قتلوا أهلها و هم أكثر من أهل النجف و أوفد رسالة خاصة إلى سعود بين له فيها فساد ما ينتحلونه من تكفير المسلمين و رميهم بالشرك و شرع محمد حسن خان الصدر الأصفهاني في بناء سور على النجف على يده و ناهض الميرزا محمد الأخباري أكبر خصوم علماء العراق الأصوليين بعد أن تمكن من نشر دعوته و استلفت إليها أنظار الناس خصوصا في إيران حيث انتظر تغلب مذهب الأخباريين فخرج المترجم من أجل ذلك إلى الري و بلاد الجبال و ألف رسائله الشهيرة في الرد عليهم و أهدى بعضها إلى فتح علي شاه القاجاري سنة ۱۲۲۲ و كان شيخ الاخبارية المتقدم قد اتصل به و ألف له الرسائل فلم يزل المترجم إلى أن قضى على هذه الحركة.
تخرج به كثير من الفقهاء المشاهير و اتفق له ما لم يتفق لغيره من تقدير الكثرة في العلم و الكفاءة في ذريته إلى عشرة أظهر.
شيء من سيرته
حج المترجم سنة ۱۱۹۸ فهنأه أستاذه السيد مهدي بحر العلوم عند قدومه بقصيدة. و له حكايات في محاسن النفس و المواعظ و نفع المحتاجين مستملحة - منها -. أنه كان يحاسب نفسه ليلا - فيقول -: كنت في الصغر تسمى جعيفرا ثم صرت جعفرا ثم سميت الشيخ جعفر ثم الشيخ على الإطلاق فإلى متى تعصى الله و لا تشكر هذه النعمة - و منها - أنه كان في أصفهان من بلاد العجم فجعل يعظ الناس و قال من جملة موعظته أن بلدكم هذه تشبه الجنة في أنهارها و جناتها و حورها و ولدانها و فيها شبه أخر بالجنة و هو كان الله رفع التكليف عن أهلها كما رفعه عن أهل الجنة - و منها - ما في مستدركات الوسائل قال: حدثني الثقة العدل الصفي السيد مرتضى النجفي و كان ممن أدركه في أوائل عمره أن الشيخ أبطا في بعض الأيام عن صلاة الظهر فجعل الناس يصلون فرادى فلما دخل المسجد جعل يوبخهم و يقول أ ما فيكم من تصلون خلفه. ثم رأى بعض التجار الأخيار يصلي فقال دعونا نأتم بهذا العبد الصالح فائتم به هو و الجماعة فخجل التاجر خجلا شديدا و لا يمكنه قطع الصلاة و لما فرغ من الصلاة تأخر خجلا فقال له الشيخ لا بد أن تؤمنا في الصلاة الثانية فامتنع فأصر عليه فقال هذا لا يمكن قال إذا فافتد نفسك بمال تدفعه للفقراء فاخذ منه مائتي شامي أو أزيد و فرقها على الفقراء و أعفاه من الامامة.
بعض ما جرى له مع ميرزا محمد الاخباري
قد عرفت ان له رسالة في الرد على ميرزا محمد الاخباري و في تلك الرسالة ان الميرزا محمد نسب المترجم إلى الأموية و نسب إلى المحقق السيد محسن الكاظمي أحد أعيان فقهاء ذلك العصر و علمائه تحليل بعض المنكرات فقال المترجم في تلك الرسالة كما في روضات الجنات مخاطبا للميرزا محمد: اعلم و الله أنك نقصت اعتبارك و أذهبت وقارك و تحملت عارك و اججت نارك. و عرفت بصفات خمس هي أخس الصفات و بها نالتك الفضيحة في الحياة و تناولتك بعد الممات. أولها نقص العقل، ثانيها نقص الدين، ثالثها عدم الوفاء، رابعها عدم الحياء، خامسها الحسد المتجاوز للحد و على كل واحد منها شواهد و دلائل لا تخفى عن العالم بل و لا الجاهل ثم ذكر من جملة شواهد نقص العقل أمورا ثالثها: انك أتيت بالعجب حيث نسبت إلى بني امية شخصا من أهل عراق العرب و قد علم الناس ان عراق العرب محل بني العباس و من كان فيه من بني أمية فروا منه و لم يبق منهم أحد و لم يعرف أحد من أهل العراق من أهل الصحاري و البلدان بهذا النسب و إنما ذكر أنهم صاروا فرقتين هربت إحداهما إلى بعض سواحل البحر و الاخرى إلى الهند و الحقوا أنفسهم ببني هاشم خوفا، و لما كان للهند طريقان أحدهما على البحر و الآخر على البر فيحتمل و الله اعلم ان البريين ذهب منهم جمع على طريق نيشابور فبقوا مختفين مدة ثم ذهبوا إلى الهند فصاروا هنديين نيشابوريين فجنابكم أقرب إلى هذا النسب و الآثار تدل على ذلك فان الأوائل ناصبوا من قرنوا مع الكتاب و خزنة الحكمة و فصل الخطاب و أنت لما لم تدرك الائمة طعنت بسهمك النواب ثم جناجية من أدنى القرى و أهلها من أفقر الناس فكيف عرفت أصلهم و ما ظهر اسم جناجية إلا بظهور والدي حيث خرج منها إلى النجف و اشتغل بتحصيل العلم و عرف بالصلاح و التقوى و الفضيلة، و كان الفضلاء و الصلحاء يتزاحمون على الصلاة خلفه، و السيد السند الأوحد واحد عصره و فريد دهره العابد الزاهد و الراكع الساجد العالم العامل و الفاضل الكامل المرحوم المبرور مولانا السيد هاشم رحمه الله تعالى قال في حقه: من أراد ان ينظر إلى وجه من وجوه أهل الجنة فلينظر إلى وجه الشيخ خضر و لما حضرت السيد الوفاة اوصى ان يقف على غسله و كانت الكرامات تنسب اليه و جميع العلماء مطلعون على حاله و نسب اليه ملاقاة صاحب الأمر روحي له الفداء أو الخضر أو هما معا ع ، و انه فتحت له باب سيد الشهداء ع و سائر الأئمة ع و الله سبحانه و تعالى اعلم بالحقائق فلو كان لك عقل يدبرك لما كذبت كذبا يفضحك بين الناس و لا يوافقك عليه أحد فلو اطعتني شربت ماء الجبن و هيهات ان يؤثر معك - إلى ان قال - و أما شواهد نقص الدين فأمور - أولها - انك شغلت اللسان و القلم و صرفت ما عندك من الهمم في سب العلماء الذين جعلهم الله تعالى بمنزلة الأنبياء و جعل الراد عليهم كالراد على الله و هو على حد الشرك بالله و الطعن عليهم طعن على شريعة رسول الله - ص و لهم اسوة بالأنبياء و القائمين مقامهم من الائمة الأمناء، فقد خرج مسيلمة الكذاب و أبو الحمار العنسي على رسول الله ص و الخوارج على أمير المؤمنين ع و خرج عن دين الاثني عشرية في كل زمان جمع قليل كالناووسية و الفطحية و الواقفية و غيرهم و كان الحق مع الكثير و هم الاثنا عشرية و كل من المذاهب القليلة من المبدعين و ما لبست به على العوام من ان الحق مع القليل بديهي البطلان في حق الشيعة نعم في أول ظهور الامامة أو النبوة يظهر الواحد بعد الواحد، ففي قدحك على العلماء و قصرك الحق على نفسك و شياطين آخرين معك طعن في دين الشيعة و ربما استند أهل الأديان الآخر في بطلان مذهب القائلين بامامة الاثني عشر إلى قولك إذ لم يعلموا بكذبك و قبح فعلك فقالوا الامامية على ضلال إذ ليس لهم علماء سوى بعض الجهال ثم إلى ان قال: - ثانيها - أنك استعملت الكذب و ادعيت انك تعمل بالعلم و المجتهدون يعملون بالظن و بالقياس و عندي و الله و عندك انك العامل بالقياس و العامل بالظن لأنك تتعدى في الأحكام من غير استناد إلى أقوال الائمة ع و قد أردت إثبات ذلك عليك كما أثبته على جميع المدخلين أنفسهم في الأخباريين حيث اجتمعوا في مجلس الدرس في بلد الكاظميين [الكاظمين] ع فقلت لهم لو لا انكم تعملون بالقياس لكنت منكم و لو لا انكم تكذبون في ادعاء العمل بالعلم و عدم الأخذ بظاهر القرآن من غير تفسير أهل البيت لكنت معكم و اثبت كل ذلك عليهم بحضور جماعة من علماء الكاظمين فطلبوا المهلة إلى ثلاثة أيام و ما