(و الجناجي) نسبة إلى جناجية أو جناجيا بجيم مفتوحة و نون و ألف و جيم مكسورة مثناة تحتية مفتوحة و هاء و ألف قرية من أعمال الحلة و أصلهم من آل علي المقيمين فيها و أصل اسمها قناقيا و يلفظها العرب جناجيا على قاعدتهم في إبدال القاف جيما و لذلك نسبه السيد محمد الهندي في نظم اللآلي (القناقناوي)
أقوال العلماء فيه
قال تلميذه صاحب مفتاح الكرامة في مقدمة كتابه: الامام العلامة المعتبر المقدس الحبر الأعظم و في روضات الجنات: كان من أساتذة الفقه و الكلام و جهابذة المعرفة و الأحكام معروفا بالبسالة و الأحكام مروجا للمذهب كما هو حقه و بيده رتقه و فتقه مقدما عند الخاص و العام معظما في عيون الأعاظم و الحكام غيورا في باب الأمر بالمعروف و النهي عن المنكر وقورا عند الهزاهز و الغير مطاعا عند العرب و العجم في زمانه مفوقا في الدنيا و الدين على سائر أقرانه ظهر من غير بيت العلم فصار علما كان شديد التواضع و اللين مع ما فيه من الصولة و الوقار و الهيبة و الاقتدار فلم يكن يمتاز في ظاهر هياته عن سائر الناس أبيض الرأس و اللحية في مشيبه كبير الجثة رفيع الهمة سمحا شجاعا قويا في دينه كثير التعلق بأبواب الملوك و الحكام و كان يرى استيفاء حق الله تعالى من أموال الناس و لو بالقوة و القهر و يصرفه إلى مستحقيه بدون تأخير و يحكى أنه كان في أول أمره في فقر شديد و انه آجر نفسه لقضاء ثلاثين سنة من العبادة صرفها في أيام التحصيل اه و في مستدركات الوسائل: علم الأعلام و سيف الإسلام خريت التحقيق و التدقيق مالك أزمة الفضل بالنظر الدقيق و هو من آيات الله العجيبة التي تقصر عن دركها العقول و عن وصفها الألسن فان نظرت إلى علمه فكتابه كشف الغطاء الذي ألفه في سفره ينبئك عن أمر عظيم و مقام علي في مراتب العلوم الدينية أصولا و فروعا و كان الشيخ مرتضى الأنصاري يقول ما معناه: من اتقن القواعد الأصولية التي أودعها الشيخ جعفر في كشفه فهو عندي مجتهد - قال المؤلف: فإذا كان الأمر كذلك فلما ذا بلى الشيخ مرتضى الناس برسائله و كتب في دليل الانسداد وحده - الذي يعترف بعدم الحاجة إليه - ما يزيد على ما كتبه الشيخ جعفر في مقدمة كشفه من مسائل الأصول و مقام الشيخ مرتضى في التحقيق و فتح بابه لمن عاصره و تأخر عنه أمر ملحق بالبديهيات و ما اشتملت عليه رسائله من ذلك أمر لا ينكره إلا جاهل أو مكابر لكننا نقول كان عليه أو على من بعده اختصاره و تهذيبه و حذف ما لا لزوم له منه و إيضاح عبارة الباقي و إذا كان هو لم يتسع وقته لذلك فكان على من جاء بعده أن يقوموا بهذا الأمر لا أن يضعوا لكتابه الحواشي المطولة، فأوجب ذلك ضياع عمر الطلاب و صدهم عما يجب صرف أعمارهم فيه من غير علم الأصول و لئن كان الشيخ ملا كاظم الخراساني حاول ذلك في كفايته فقد أصاب لكن فاته انه كان يجب ان يكون كتابه أكثر تهذيبا و أوضح عبارة و أحسن ترتيبا مما هو عليه و إن خلص الطلاب من التطويل لكنه أوقعهم في صعوبة الفهم و قلة التحصيل إلا بعد زمان طويل و عاد الأمر إلى الشروح و الحواشي و القال و القيل ثم وقعنا اليوم فيما هو أدهى و أعظم من انقراض العلماء و انصراف الناس عن طلب العلم إلى طلب الدنيا المحضة الذي يؤذن بانقراض الدين و نسأله تعالى أن يتولاه بلطفه - قال صاحب المستدركات: و حدثني الأستاذ - الشيخ عبد الحسين الطهراني - قال قلت لشيخي صاحب جواهر الكلام: لم أعرضت عن شرح كشف الغطاء و لم تؤد حق صاحبه و هو شيخك و أستاذك و في كتابه من المطالب العويصة و العبارات المشكلة ما لا يحصى فقال يا ولدي أنا عاجز من أوات الشيخ - أي قوله أو كذا أو كذا - قال المؤلف: هذا كلام اقتضاه السمر و المحادثة و لا يبتني على حقيقة راهنة فهو كسائر ما يتحدث به العلماء الأعلام من الأمور الشعرية المحضة ثم ينقله عنهم كثيرون كحقيقة راهنة و ليس له من الحقيقة نصيب و هذا أمر قد اعتاده أهل هذه الأعصار لما اعتادوه من المبالغات فالعجب من الشيخ عبد الحسين الطهراني كيف يعتقد أن صاحب الجواهر كان يمكن أن يجعل كتابه شرحا لكشف الغطاء و العجب من صاحب المستدركات كيف يظن ان صاحب الجواهر قصد من هذا الجواب الحقيقة و الواقع لا مجرد الاقناع فكشف الغطاء مع ما هو عليه من الجودة في موضوعه ليس قابلا لأن يكون متنا لمثل كتاب الجواهر الذي يراد به جمع جميع كتب الفقه و أدلة مسائله و كشف الغطاء لا يحوي جميع كتب الفقه و هل أوات الشيخ أصعب في شرحها من ترددات المحقق، قال و إن تاملت في مواظبته على السنن و الآداب و عبادته و مناجاته في الأسحار و بكائه و تذلله لرايته من الذين وصفهم أمير المؤمنين ع من أصحابه للأحنف بن قيس مع ما اشتهر من كثرة أكله و إن كان لم يكن يأكل إلا الجشب و لا يلبس إلا الخشن فلا تورثه كثرة الأكل الملل و الكسل عما كان عليه من التضرع و الإنابة و السهر و إن تفكرت في بذله الجاه العظيم الذي أعطاه الله إياه من بين أقرانه و المهابة و المقبولية عند الناس على طبقاتهم من الملوك و التجار و السوقة للفقراء و الضعفاء من المؤمنين و حضه على طعام المسكين لرأيت شيئا عجيبا و قد نقل عنه في ذلك مقامات و حكايات لو جمعت لكانت رسالة طريفة نادرة اه و ذكره صاحب نظم اللآل في أحوال الرجال فقال شيخ الطائفة في زمانه و حاله في الثقة و الجلالة و العلم أشهر من أن يذكر اه و قد انتهت إليه رئاسة الإمامية الدينية في عصره و الزمنية في قطره فهو الفقيه الأكبر مفتي الامامية رجع إليه الناس و أخذوا عنه و رأس بعد وفاة شيخه السيد مهدي بحر العلوم الطباطبائي سنة ۱۲۱۲ و اشتهر باعتدال السليقة في الفقه و قوة الاستنباط من الأدلة فكان أعجوبة في الفقه و لقوة استنباطه اشتهر - من باب الملح - أن الشيخ جعفر عنده دليل زائد و هو دليل الشم و كان مع ذلك أديبا شاعرا و خرج إلى إيران فاحتفى به فتح علي شاه القاجاري و وزراؤه.
و صنف باسمه كتاب كشف الغطاء عن خفيات مبهمات الشريعة الغراء و قال في كتاب الجهاد من الكتاب المذكور: و لما كان الاستئذان من المجتهدين - يعني في أمر الجهاد - أوفق بالاحتياط و أقرب إلى رضى رب العالمين فقد أذنت - إن كنت من أهل الاجتهاد و من القابلين للنيابة عن سادات العباد - للسلطان ابن السلطان و الخاقان ابن الخاقان المحروس بعين عناية الملك المنان فتح علي شاه أدام الله ظلاله على رؤوس الأنام في أخذ ما يتوقف عليه تدبير العساكر و الجنود و رد أهل الكفر و الطغيان و الجحود من خراج أرض مفتوحة بغلبة الإسلام و زكاة متعلقة بالنقدين أو الغلات الأربعة أو الأنعام الثلاث فان ضاقت عن الوفاء جاز له الأخذ من أموال أهل الحدود إذا توقف ما يدفع به العدو إلى آخر ما ذكره. و كان شديد الغيرة على الطائفة عظيم العناية بأمورها كثير المناهضة لخصومها و قد انبرى للرد على الوهابيين بيده و لسانه لما عظم خطرهم على العراق فرد غاراتهم عن مدينة النجف و جمع الأسلحة و الذخائر في داره و رتب المقاتلة على السور و باشر العلماء القتال بأنفسهم و شجعوا المقاتلين بتحريضهم حتى ارتد