به في الغاية إلى أن استوفى أيّامه و أقبض الأجل المحتوم زمانه، و ذلك بأرض العراق المحروسة حين مراجعته من سفر الحجّ في حدود سنة خمس عشرة بعد مائة و ألف فرثاه سيّدنا المكرّم المشار إليه بهذه القصيدة الفاخرة الغراء:الدهر ينعى إلينا المجد و الكرماو العلم و الحلم و الأخلاق و الشيماينعى العفاف و ينعى الفضل يندبهينعى الحياء و ينعى العهد و الذممافليت بالدهر ممّا قد حكى بكماأوليت عن ذاك في أسماعنا صمماو لا تطيق الجبال الصمّ داهيةدهياء دكّ لها الإسلام و انثلماو زلزلت أرض علم بعد ما انفطرتسماء علم و ماج البحر و التطمايا صبر هذا فراق بيننا و متىتطاق و الدهر أو هى الركن فانهدمابشيخنا جعفر بحر بساحلهسفائن العلم مبذولا و مقتسمايا عين جودى فعين الجود غائرةتبكى عليها العيون الساهرات دمامن للحزين ينادى و هو منقطعفيستغيث و يبكى المفرد العلماأين الّذى بسط الإحسان منبسطاقد عمّ فيض نداه العرب و العجماأين الّذى فسّر الآيات محكمةأين الّذى هذب الأحكام و الحكماو باطل كان بالتحقيق يدمغهكأنّه بقدوم يكسر الصنماللّه أيّامنا اللاّتى مضين لناإذ نحن من نوره نستكشف البهماكانت هى العمر مرّت و هى مسرعةو هل سمعت بحى عمره انصرماو إخوة بصفاء الودّ رافقهمفجمعهم بعده عقد قد انفصماو مسند زاده عزّا تمكنهكخاتم فصّه جور الزمان رمىظلّ الإشارات بعد الشيخ مبهمةكما الشفاء عليل يشتكى السقمابات الصحاح سقيما منذ فارقهعين الخليل اصيبت عينه بعماتبكى عليه عيون العلم تسعدهاشروحها و حواشيها و ما رقماتمضى الليالى و لا تفنى مآثرهيبقى على صفحة الأيّام ما رسما