و قال العلامة الحلي: كان هذا الشيخ أفضل أهل زمانه في العلوم العقلية و النقلية. و قال عنه في موضوع آخر: هو أستاذ البشر و العقل الحادي عشر.
و عده الصفدي في شرح لامية العجم من الرجال الذين لم يصل أحد إلى رتبتهم في فن المحسطي [المجسطي]. و قال عنه في الوافي بالوفيات: كان رأسا في علم الأوائل لا سيما في الارصاد و المجسطي
دراسته
درس في صغره علوم اللغة من نحو و صرف و آداب بعد دراسته القرآن، ثم بتوجيه من أبيه درس الرياضيات على كمال الدين محمد المعروف بالحاسب، ثم درس الحديث و الاخبار و توسع في دراسة الحديث على أبيه كما درس عليه الفقه، و درس المنطق و الحكمة على خاله، و في خلال هذه الفترة اتقن علوم الرياضيات من حساب و هندسة و جبر، و كان لا يزال في مطلع شبابه.
و يقول هو عن نفسه: انه بعد وفاة والده عمل بوصيته في الرحيل إلى اي مكان يلقى فيه أساتذة يستفيد منهم. و كانت نيسابور في ذلك العهد مجمع العلماء و منتجع الطلاب فسافر إليها حيث حضر حلقة كل من سراج الدين القمري و قطب الدين السرخسي و فريد الدين الداماد و أبو السعادات الاصفهاني و آخرين غيرهم. كما لقي فيها فريد الدين العطار. و في نيسابور قضى فترة ظهر فيها نبوغه و تفوقه و صار فيها من المبرزين المشار إليهم بالبنان
الغزو المغولي الأول
و في خلال وجوده في نيسابور زحف المغول زحفهم الأول بقيادة جنكيز حاملين الدمار و الموت فاجتاحوا فيما اجتاحوه بلاد خراسان و انهزم امامهم السلطان محمد خوارزم شاه و انهارت بعده كل مقاومة و تساقطت المدن واحدة بعد الاخرى، و ساد القتل و الخراب و الحريق، و فر الناس هائمين على وجوههم: بعض إلى الفلوات، و بعض إلى المدن البعيدة و بعض إلى القلاع الحصينة، و من لم يستطع شيئا من ذلك انطلق لا يدري اية ساعة يأتيه الموت.
صمود الإسماعيليين
و القوة الوحيدة التي حيل بينها و بين المغول، فقد [ ][صمدت للمغول] هي قلاع الإسماعيليين [فقد ظلت تقاوم و ترد المهاجمين حتى أعجزهم عن نيلها، و كان فدائيو الإسماعيليين يهاجمون الغزاة و يوقعون بهم مظهرين بطولة لا نظير لها و بذلك] صمدت هذه القلاع سنوات و لم تستسلم بينما كانت باقي مدن خراسان و منها نيسابور قد عادت يبابا في ايدي المغول.
الطوسي عند الإسماعيليين
في هذا البحر المخيف و المحنة الرائعة كان الطوسي حائرا لا يدري اين يلجا و لا بمن يحتمي، و كان المحتشم ناصر الدين عبد الرحيم بن أبي منصور متولي قهستان قد ولي السلطة على قرع [قلاع ]الإسماعيليين في خراسان من قبل علاء الدين محمد زعيم الإسماعيليين آنذاك، و كان ناصر الدين هذا من أفاضل زمانه و أسخياء عهده، و كان يعني بالعلماء و الفضلاء، و كانت شهرة (الطوسي) قد وصلت اليه و عرف مكانته في العلم و الفلسفة و الفكر، و كان من قبل راغبا في لقياه فأرسل يدعوه إلى قهستان، و صادفت الدعوة هوى في نفس المدعو الشريد و رأى أنه وجد المأمن الذي يحميه فقبل الدعوة و سافر إلى قهستان.
و إذا كان الطوسي قد حمد الحمى في قهستان فان ناصر الدين كان أشد حمدا إذ اعتبر وجود الطوسي عنده مغنما اي معنم [منعم] فاستقبله باجلال و كان يسعى جهده في ارضائه و تلبية رغباته، مستفيدا دائما من عشرته و مجالسته.
في هذه الفترة استجاب لرغبة ناصر الدين فترجم للفارسية [إلى الفارسية ]كتاب الطهارة لأبي علي مسكويه الرازي و زاد عليه مطالب جديدة و سماه (أخلاق ناصري) ناسبا ايه [إياه] إلى مضيفه ناصر الدين.
و مضى الزمن سريعا و الطوسي مقيم عند المحتشم ناصر الدين و طالت إقامته هناك معززا مكرما يقضي وقته بالمطالعة و الكتابة و التأليف، و عدا كتاب (أخلاق ناصري) فقد ألف هناك (الرسالة المعينية) في علم الهيئة، و المعينية منسوبة إلى معين الدين ابن ناصر الدين، كما ألف غيرها كتبا كثيرة.
و بلغ علاء الدين محمد زعيم الإسماعيليين نزول الطوسي على واليه ناصر الدين، و عرف مقدار ما يستفيد من معارفه فطلبه منه فلم يكن مناص للطوسي من اجابة الدعوة، فمضى ناصر الدين يصطحب الهدية العظيمة إلى زعيمه علاء الدين في قلعة ( مبمون [ميمون ] در [دز]) فاستقبله الزعيم الإسماعيلي استقبالا يتفق و منزلته و استبقاه لديه معززا مكرما.
ثم انتهت حياة علاء الدين قتلا بيد أحد حجابه فتولى امر الإسماعيليين بعده ابنه الأكبر ركن الدين خور شاه، و ظل الطوسي مع ركن الدين في قلعة الموت حتى استسلام ركن الدين للمغول في حملتهم الثانية بقيادة هولاكو.
هل ذهب مرغما أم مختارا
هذا هو المعروف عن اتصال (الطوسي) بالاسماعيليين، و لكن هناك مؤرخين يخالفون هذا الرأي و يرون أن الطوسي ذهب إليهم مرغما و اقام عندهم مكرها. فقد جاء في درة الاخبار أن أوامر قد صدرت إلى فدائيي الإسماعيليين باختطاف الطوسي و حمله إلى قلعة (ألموت) و أن الفدائيين ترصدوه في أطراف بساتين نيسابور و طلبوا اليه مرافقتهم إلى الموت و أنه امتنع فهددوه بالقتل و اجبروه على مرافقتهم، و أنه كان يعيش هناك سنواته شبه أسير أو سجين.
و كذلك فان (سرجان ملكم) في تاريخه قد أيد ارغامه على السفر إلى (ألموت) و أن كان قد ذكر هذا الإرغام برواية تختلف عن رواية (درة الاخبار). غير أن (وصاف الحضرة) قد جاء بامر وسط بين الأمرين، اي أن الطوسي قد ذهب مختارا إلى ناصر الدين و خلال مقامه عنده حدث ما عكر صفو ودادهما فنقم عليه ناصر الدين و اعتبره سجينا لديه ثم ارغمه على مصاحبته إلى (ميمون در [دز]) حيث عاش سجينا لا يبرح مكانه.
و قد قال كريم آقسرائي في مسامرة الاخبار: كان الطوسي الوزير المطلق لدى الإسماعيليين و أنه بلغ عندهم رتبة أطلقوا فيها عليه لقب أستاذ الكائنات