نيابي كان هو و السيد الاصفهاني معارضين في ذلك الوضع لأنهما يريدان خيرا منه و لهما الكلمة النافذة فابعدا إلى ايران في أواخر سنة ۱۳۴۱ و جاءا إلى قم و أقاما بها سنة كاملة و احتفى بهما الشيخ عبد الكريم الزيدي [اليزدي] المقيم في قم في ذلك الوقت احتفاء زائدا و جعلت طلاب مدرسته تقرأ عليهما و حصل لهما في ايران استقبالات حافلة في كل بلد مرا به ثم أعيدا إلى العراق بعد ما شرط عليهما ان لا يتدخلا في أمور الملكة السياسية و عادا إلى النجف.
مشايخه
(۱) الشيخ محمد باقر الاصفهاني (۲) الميرزا محمد حسن النجفي (۳) الميرزا السيد محمد حسن الشيرازي (۴) السيد محمد الفشاركي الاصفهاني (۵) المولى فتح علي جونابادي (۶) الميرزا حسين النوري (۷) الشيخ محمد تقي الشيرازي و غيرهم و قال السيد هبة الدين الشهرستاني فيما كتبه في حقه كنت أراه في سامراء يراجع في علمي التفسير و الحديث المولى فتحلى الجونابادي و الميرزا حسين النوري و في علمي الفقه و الأصول الميرزا محمد تقي الشيرازي و السيد محمد الاصفهاني اه. و ما يقوله البعض من انه حضر درس الشيخ مرتضى الأنصاري مستشهدا بأنه كان يقول: و إلى هذا القول ذهب استأذنا الأنصاري في بحثه لا يكاد يصح فالانصاري توفي سنة ۱۲۸۱ و هو ولد حوالي سنة ۱۲۷۳ كما مر فيكون عمره عند وفاة الأنصاري سبع سنين.
تلاميذه
و هم كثيرون منهم (۱) السيد أبو القاسم الخوئي النجفي (۲) الشيخ محمد علي الكاظمي الخراساني صاحب فوائد الأصول (۳) الشيخ موسى الخوانساري النجفي صاحب منية الطالب في شرح المكاسب و غيرهم.
مؤلفاته
(۱) تنبيه الأمة المشار اليه آنفا مطبوع (۲) رسالة لعمل المقلدين مطبوعة (۳) حواشي العروة الوثقى مطبوعة على حدة (۴) رسالة في اللباس المشكوك (۵) رسالة في أحكام الخلل في الصلاة (۶) رسالة في نفي الضرر (۷) رسالة في التعبدي و التوصلي (۸) اجوبة مسائل المستفتين جمعها بعض تلاميذه (۹) تقريرات بحثه في الأصول المسمى أجود التقريرات لتلميذه السيد أبو القاسم الخوئي في مجلدين و عليها تعليقة منه و لتلاميذه عدة مؤلفات اكتسبوا فوائدها من محاضرات درسه.
مراثيه
رثي بمرات كثيرة فمن قصيدة الشيخ محمد علي اليعقوبي قوله:بكى البلد الأمين عليك شجوافجاوب صوته البلد الحرامو راع الخطب فارس فاستشاطتو شاطرت العراق به الشامو عم بك الاسى شرقا و غرباكما عمت مواهبك الجسامأهالوا الترب منك على محيابه في المحل يستسقى الغمامتجهم وجه هذي الأرض حزناعليك و طبق الأفق الظلامفجرح الدين بعدك ليس يؤسىو صدع العلم ليس له التئامفكم لك دونه وقفات عزتخبر انك البطل الهمامهي الأيام لم تحفظ لديهاعهود لا و لا يرعى ذمامو رحت مزودا عملا و علماو زاد سواك في الدنيا الحطاممضيت و عمرك الثاني سيبقىو كم ذكر به تحيى الكرامو ما الإنسان بعد الموت الاماثر تستفيد بها الأنامو هان الخطب بعدك مذ وثقنابان حمى الشريعة لا يضاملئن فقد (الحسين) فما المعزىبه الا (أبو الحسن) الامامبه الأحكام قد شدت عراهاو هل (للعروة الوثقى) انفصامو كيف تضل قوم عن هداهاو في يمنى أبي الحسن الزمامإذا النادي حواه فليس يدريأ يذبل قد تصدر أم شمامأبا حسن و أنت لنا غياثلدى الجلي و في البلوى عصامففيك و قد سلمت لنا عزاءو للدين السلامة و السلامو من قصيدة الشيخ محمد رضا المظفري قوله:أبيح الحمى لا السيف سيف و لا الفمغداة قضى فيه الامام المعظمو لن ترفع الرأس الرجال كرامةإذا لم يرق من تحت اقدامها الدمنعاه لنا الناعي فقلنا صواعققصفن ربوع العلم قال و أعظمو أقطاب فضل ارشد الله أمرهمبهم يرتجى ان يخلف النجم أنجمبني العلم للعليا فلا تتسمرواإذا كان عز في البلاد فأنتمقفوا وقفة الغلب الاباة عن الهدىفان مجاريه إليكم و منكمو سلوتنا نجل الحسين و شبله(علي) إذا عد الكرام فمنهمو صنوان أصل الفخر أعرق فيهمافطابا و في شتى الفضائل توأملئن حل منا الدهر عقدا فان في(أبي حسن) عقد الامامة يبرمإذا الناس أمسى أمرها متشابهافأنت بهم يا آية الله محكمو من قصيدة الشيخ عبد الحسين الحلي قوله:أعرني لسانا أو فدعني و ما بيافقد أخرس الخطب الممض لسانيامضى لا مضى من كان في الله فانيافخلد ذكرا في البرية باقياستنسى الكرى بعد الحسين محاجريو تألف فيض الدمع ينصب قانياتقام له الذكرى و في كل ساعةتذكرنا الأيام منه المساعيايناجي الدجى مستسرا و انمابغرته الأضواء تجاوي الدياجياإذا ما انثنى يتلو بديع بيانهتلقت به الأسماع سبعا مثانياتذكرني ليلا بغر خصالهزواهره اللاتي تزين اللياليااعددها لو كنت اسطيع عدهاو من ذا الذي بالعد يحصي الدراريالقد عاش في الدنيا كما عاش أهلهاسوى انه من عارها كان عارياو من بعدك الأعواد يقرع متنهافينظم منثور المعاني لآليالك القلم العالي على الخمس سابحاتشيعه العشر العقول جوارياتقاصر عنه السمهري و طالمابابرامه فل الجراز اليمانيامحاسن اطريها فيحسب جاحدباقي له فيها أعد المساوياو هيهات أحصيها بشعري و ان أكنتخذت له الزهر الدراري قوافيارضى بالقضا الجاري و من لم يكن بهليرضى اختيارا كان بالكرة راضياو من قصيدة السيد محمود الحبوبي قوله:سكت اللسان فيا دموع تكلميفلقد أحال إليك منطقه فميقد لا يطيق مفوه شرح الاسىو تطيق ذلك دمعة المتألمفعن الدموع خذوا أحاديث الأسىمشروحة لا من فم المتكلمفمن القصائد أدمع منظومةو من الدموع قصائد لم تنظم