فسعى السيد أبو بكر المذكور في إخماد تلك الحرب حتى تم الصلح على يده و بجدة و نفوذه و كفى الله شرها ثم حدثت حوادث يقصد بها مضايقته فاختار هجر تلك البلاد فارتحل عنها عام ۱۳۰۲ كما أشار إلى تلك الأحوال في بعض أشعاره و تصانيفه و بعد مفارقته وطنه طاف في بلاد كثيرة منها عدن و لحج و الحجاز مكة المكرمة و المدينة المنورة ثم زار القطر المصري فالشام و القدس ثم الآستانة و لقي من أمراء و علماء تلك الأقطار كل إجلال و إعظام كما قال في بعض قصائده:فسنام اي الأرض أذهب منزلو لي الندامى الغر من أمجادهاو واجه سلطان الترك بالاستانة و قلده الوسام المجيدي المرصع و أهدى له سيفا و أحبه كثير من أهل النفوذ و الفضل ثم ذهب إلى الشرق و اختار الإقامة في حيدرآباد دكهن [دكن ]بالهند و انتفع به كثير ممن هناك و كان الملجأ لحل المشكلات العلمية، و تولى التدريس في مدرستها النظامية و صحح عددا مما طبع من الكتب النافعة الدينية، و قد طالت إقامته بحيدرآباد و تاهل بها و رزق أولادا و تردد من الهند إلى جاوة و ما قاربها ثم في عام ۱۳۳۱ عاد المترجم له من الهند إلى وطنه و صحب معه جميع ولده و ذلك بعد غيبته عنها نحو ثلاثين سنة لم يغب فيها عن وطنه بره و معروفه و خدمته فقوبل بها مقابلة لم نعلم أن أحدا قوبل بمثلها حتى و لا سلاطينها و كان يوم دخوله تريم يوم عيد عظيم نشرت فيه الرايات و أطلقت المدافع و أقيمت المواكب و الحفلات على رغم منه لشدة نفرته من ذلك ثم عاد إلى الهند عام ۱۳۳۴ لقطع علائقه منها للرجوع إلى تريم للاقامة بها و لكن عاقته المقادير حتى انتقل إلى رحمة الله تعالى اه و قد بلغنا انه لاقى من النواصب في سبيل نشر فضائل أجداده أهل البيت الطاهر و الدعوة إلى سلوك طريقتهم أذى كثيرا اضطره إلى الهجرة عنهم و ترك وطنه.
(مشائخه)
قال جامع ديوانه: تلقى فنون العلم عن والده و أخيه الأكبر العالم العابد و الفقيه الورع الزاهد السيد عمر الملقب بالمحضار. و عن كثير من كبار العلماء بلغ عددهم نحو المائة أكثرهم من أهل حضرموت فمن أخذ عنهم من أهل تريم العلامة الصالح السيد محمد بن إبراهيم الفقيه العلوي و السيد البقية حسن بن حسين الحداد العلوي و السيد العلامة التقي الورع علي بن عبد الله بن شهاب العلوي و الحبر السيد حامد بن عمر بافرج العلوي و غيرهم ممن في طبقتهم و هم كثير يطول تعدادهم و من أهل سيون الأستاذ المحقق السيد المحسن بن علوي السقاف العلوي و من في طبقته و من أهل وادي دوعن العلامة الصوفي السيد أحمد بن محمد المحضار العلوي و المحقق الشيخ محمد بن عبد الله باسودان الكندي و غيرهم اه و قوم مر في سيرته انه أخذ بمكة عن السيد أحمد بن زيني دحلان.
(تلاميذه)
له تلاميذ كثيرون أجلهم و أعلمهم و أشهرهم السيد محمد بن عقيل صاحب النصائح الكافية و غيرها.
(مؤلفاته)
له مؤلفات في الأصلين و الفقه و الهندسة و الحساب و المنطق و الطبيعيات و البديع و الأنساب و الأسانيد و غيرها قال جامع ديوانه المعروف لنا منها نحو الثلاثين أكثرها لم يطبع اه من جملتها (۱) الحمية من مضار الرقية رد على الرقية الشافية التي هي رد على النصائح الكافية مطبوع (۲) رسالة ضرب الذلة على جريدة النحلة (۳) ذريعة الناهض إلى علم الفرائض منظومة (۴) ارجوزة في آداب النساء (۵) رشفة الصادي في فضائل أهل البيت طبع بمصر (۶) العقود (۷) الترياق النافع بإيضاح و تكميل جمع الجوامع مطبوع (۸) الفتوحات (۹) الاسعاف (۱۰) النظام (۱۱) نوافح الوردجوري (۱۲) الورد القطيف (۱۳) الذريعة و لعلها هي ذريعة الناهض المتقدمة (۱۴) التحفة (۱۵) الكشف (۱۶) الشبهات (۱۷) التنوير (۱۸) رفع الخبط في مسائل الضغط (۱۹) التذكير (۲۰) نزهة الألباب في رياض الأنساب (۲۱) ديوان شعره و هو مطبوع و قد حذف منه شيء كثير.
(أشعاره)
ننتخب منها من ديوانه المطبوع قال يرثي أمير المؤمنين علي بن أبي طالب (ع) في ۲۱ رمضان سنة ۱۳۰۶ من قصيدة:فاه على صنو النبي و صهرهو ثانيه أيام التحنث في حراو أعلم أهل الأرض بعد ابن عمهو أعظمهم جودا و مجدا و مفخراعليك سلام الله يا من بهديهتبلجت الأنوار و الحق اسفراو يا ليتنا في يوم صفين و الذييليه شهدنا كي نفوز و نظفراو نشرب بالكأس الذي تشربونهفاما و أما أو نموت فنعذرافلا زلت مهما عشت أبكي عليكمو أنظم درا من ثناكم و جوهراو له من قصيدة أسماها النبا اليقين في مدح أمير المؤمنين الامام علي (ع) عدد أبياتها كعدد اسم الممدوح قالها في أواخر شوال سنة ۱۳۳۰:علي أخي المختار ناصر دينهو ملته يعسوبها و إمامهاو اعلم أهل الدين بعد ابن عمهباحكامه من حلها و حرامهاو أوسعهم حلما و أعظمهم تقىو أزهدهم في جاهها و حطامهاو أولهم و هو الصبي اجابةإلى دعوة الإسلام حال قيامهافكل امرئ من سابقي امة الهدىو ان جل قدرا مقتد بغلامهاأبي الحسن الكرار في كل ماقطمبدد شوس الشرك نقاف هامهافتى سمته سمت النبي و ما انتقىمواخاته الا لعظم مقامهافدت نفسه نفس الرسول بليلةسرى المصطفى مستخفيا في ظلامهاسقى عتبة كاس الحتوف و رجع الوليد ابنه بالسيف مر زؤامهاو في أحد أبلى تجاه ابن عمهو فل صفوف الكفر بعد التئامهابعزم سماوي و نفس تعودتمساورة الأبطال قبل احتلامهاأذاق الردى فيها ابن عثمان طلحةأمير لواء الشرك غرب حسامهاو عمر بن ود يوم اقحم طرفهمدى هوة لم يخش عقبى ارتطامهادنا ثم نادى القوم هل من مبارزو من لسبتي عامر و همامهاتحدى كماة المسلمين فلم تجبكان الكماة استغرقت في منامهافناجزه من لا يروع حنانهإذا اشتبت الهيجاء لفح ضرامهاو عاجله من ذي الفقار بضربةبها آذنت أنفاسه بانصرامهاو كم غيرها مين غمة كان عضبهمبدد غماها و جالي قتامهابه في حنين أيد الله حزبهو قد روعت أركانه بانهدامها