ببعض قطعاته الخائفين منه جزءا من الأفيون فى معجون كان قد عمله الشّيخ لنفسه فلمّا شربه تغيّرت عليه الحال، فحملوه إلى البلد و عالج نفسه من تلك الصّدمة أيضا إلى أن قدر على المشى، و كان لا يستطيع القيام قبله، ففرح بقدرته على الخروج مع العلاء و كونه فى الموكب غافلا انّ فى تلك الحركة كان هلاكه، فلمّا خرج عادت أمراضه و فسد أغراضه و اشتدّ سوء حاله، إلى أن ورد ماء همدان، فوجد من نفسه فتورا فى الجوارح و سقوطا من القوى، و احسّ بعلامات الموت، فيأس من الحياة و ترك العلاج و بقى كذلك أيضا ايّاما إلى أن مات و فى بعض المواضع المتقدّمة انّه صنّف فى أصفهان مصنّفات أخر و التمس علاء الدّولة منه رصدا جديدا و حوّل محاويجه بالخزانة، فربطه فلم يتمّ لكثرة العوائق.
و يقال: إن أكثر فقهاء العامّة فى زمان هذا الشّيخ جروا على تكفيره لما قد برز منه فى كتاب الشّفاء من القول بقدم العالم و نفى جسمانيّة المعاد و امثال ذلك، و قد اعتذر عنه بعض الطّائفة بانّ مقصده لمّا كان فى ذلك الكتاب تحرير مطالب المتقدّمين لم يمكن الإيراد به عليه، بخلاف ما أورده فى الاشارات، فانّه الصّادر عن حقيقة ما فى قلبه، و خال عن أمثال ما ذكر من الكفريّات بل مصرح بخلافه و لنعم ما قال بالفارسيّة فى حق نفسه:كفر چه منى گزاف و آسان نبودمحكم‌تر از إيمان من إيمان نبوددر دهر چو من يكىّ و آن هم كافرپس در همه دهر يك مسلمان نبودو قد يسند إليه أيضا الذّهاب إلى استحلال المدام للانفس الكاملة و المواد القابلة بشروط مقرّرة زعما منه انّ بسقيه انّما يتقوّى ما فى الجبلة، و يتحرّك ما فى الغريزة، إن خيرا فخيرا و ان شرّا فشرّا، كما قال المثنوى:باده نى بر هر سرى شر مى‌كندآن‌چنان را آن‌چنان‌تر مى‌كندقيل و لهذا لم يكن له عند الحكماء عظيم موقع، و لا أعتمد على تحقيقاته فى الفنّ و لا ادخل فى درجات المعلّمين اليه و لا اسند إليه أم عنه فيما استتبعناه إلى الان.