و كان اتّفاق وفاته ببلدة الأشرف من بلاد مازندران زمان مراجعته مع السلطان المعظّم عليه من فتح قندهار في حدود سنة أربع و ستّين و ألف هجريّة، و من جملة من رثاه بالفارسيّة الآميرزا صائب الشاعر المشهور بقصيدة طويلة يشير بمصراعه الأخير إلى هذا التاريخ حيث يقول:
آه از دستور عالم و اى از سلطان علم ۱۰۶۴
و نقل نعشه الشريف من ذلك المقام إلى النجف الأشرف و قبره الآن بها معروف يزا. هذا
و كان معظم قراءته على والده المبرور المذكور، و على المولى حاج محمود الرنانى المشهور، و شارك المولى خليل القزوينى في التلمّذ عند شيخنا البهائى، و غيره من الفضلاء، و له من المصنّفات السديدة كما في «الأمل» و غيره حواشيه المعروفة على «شرح اللمعة» فيما يقرب من عشرة آلاف بيت ( ۱ ) ، و على اصول «المعالم» قريبا من نفس الكتاب، و على «مختلف» العلاّمة، و على «شرح المختصر العضدى» و على «زبدة» البهائى، و على بعض أبواب «الفقيه» و على «حاشية القديم الجلاليّة» و على «الشرح الجديد من التجريد»، و على «حاشية الفخرى» لالهيّاته بالخصوص، و «كتاب توضيح الأخلاق» بالفارسيّة، و هو تلخيص كتاب «الأخلاق الناصرى»، و رسالة في آداب الحجّ. إلى غير ذلك من الحواشى، و الرسائل، و أجوبة المسائل.
و سادات بنى الخليفة إلى الآن معروفون بأصفهان يأكلون من قليل ما بقى من
( ۱ ) و قال السيد الامير محمد حسين الخاتون‌آبادى من أسباط سمينا المجلسى - رحمه اللّه - فى مبحث الخيارات من حواشيه على «شرح اللمعة» عند وصوله الى قول المصنف: أو المستأجر: و اعلم أن السيد الاجل العلامة الامير رفيع الدين محمد والد السلطان المحقق - رفع اللّه درجته - كتب هيهنا حاشية رجح فيها قراءة المستأجر بالكسر. ثم ذكر تلك الحاشية بتفصيلها، و فيه من الدلالة على نبالة الرجل بل غاية جلالته أيضا ما لا يخفى. منه - رحمه اللّه -